De zoönosenstructuur staat voor een humaan-veterinair geïntegreerde risicoanalyse-structuur voor de eerste signalering van zoönosen tot en met de bestrijding ervan.

In de eindrapporten van het emerging zoonoses consortium en van de Commissie-van Dijk over de evaluatie van de Q-koorts-uitbraak zijn aanbevelingen gedaan voor cruciale verbeteringen bij de bestrijding van zoönosen en bij de early warning van opduikende zoönosen. Een van de resultaten hiervan is de inrichting van de nieuwe zoönosenstructuur.

Binnen de zoönosenstructuur vindt samenwerking en communicatie plaats tussen de verschillende veterinaire en humane organisaties om bovenstaande doelstelling te bereiken. Signalen kunnen vanuit verschillende bronnen afkomstig zijn. In het signaleringsoverleg zoönosen (SO-ZSignaleringsoverleg zoönosen ) beoordelen deskundigen uit zowel de humane als de veterinaire sector op gestructureerde wijze regionale, landelijke en internationale signalen van mogelijk zoönotische aard afkomstig uit verschillende sectoren en dierreservoirs. In het SO-Z wordt beoordeeld of er naar aanleiding van de signalen vervolgacties noodzakelijk zijn. Vervolgstappen in de beoordeling vinden afhankelijk van de ernst van het signaal plaats in: Responsteam zoönosen (RT-ZResponsteam zoönosen ), Outbreak managementteam zoönosen (OMT-ZOutbreak managementteam zoönosen ) of Deskundigenberaad zoönosen (DB-ZDeskundigenberaad zoönosen ). In geval van door het OMT-Z geadviseerde maatregelen, beoordeelt het Bestuurlijk Afstemmingsoverleg Zoönosen (BAO-ZBestuurlijk Afstemmingsoverleg Zoönosen ) deze op bestuurlijke haalbaarheid en wenselijkheid. Deze publiek bestuurlijke partners stellen een advies op aan de bewindslieden van VWS en EZ